В их числе ворсинчатая атрофия и инфильтрация с лимфоцитами и клетками плазмы. С использованием биохимических техник у собак с SIBO определялись изменения энзимов щеточной каемки эпителия. Это приводит к функциональным аномалиям энтероцитов и нарушению ассимиляции питательных веществ, а в серьезных случаях могут вызывать клинические симптомы.
Большую важность, по всей вероятности, представляет воздействие бактерий на интралюминальное содержимое. Конкуренция бактерий за питательные компоненты может привести к уменьшению и нарушенному всасыванию таких веществ, как витамин Bj2, играющий решающую роль в белковом метаболизме. Дегидроксиляция и деконъюгация солей желчных кислот люминальными бактериями результирует в уменьшенном образовании мицеллы и неперевариванию липидов. Бактериальный метаболизм липидов влечет за собой продуцирование ги-дроксилированных жирных кислот. Эти продукты расщепления действуют как детергенты, повреждая слизистую поверхность и слизистый слой, увеличивая допуск бактерий к слизистой оболочке. В ободочной кишке они также действуют как секреторные вещества